W dniach 2-3 marca 2013 roku w Warszawie odbył się ogólnopolski kongres Zielonych 2004. Wybrano naczelne władze partii. Przewodniczącą partii została, już po raz trzeci, Agnieszka Grzybek a przewodniczącym, równoległym partnerem - dr Adam Ostolski.
Kongres rozpoczął się debatą z udziałem Romana Kurkiewicza - b. redaktora naczelnego tygodnika „Przekrój”, Marcina Popkiewicza - autora książki „Świat na rozdrożu”, Michała Sutowskiego z „Krytyki Politycznej” oraz zielonych radnych - Beaty Kubicy (Opole), Małgorzaty Tkacz-Janik (Gliwice) i Ewy Koś (Szczecin). Debata wskazała kierunki programowych zainteresowań ugrupowania.
Wybrano także radę Krajową i Zarząd. Do Rady weszli: Elżbieta Hołoweńko, Beata Kubica, Ewa Koś, Aleksandra Kretkowska, Monika Paca, Małgorzata Tkacz-Janik, Joanka Szewczyk, Aleksandra Świerzy, Krystyna Słodczyk, Jacek Bożek, Radek Gawlik, Marek Matczak, Łukasz Moll, Michał Simon, Maciej Smykowski, Dariusz Szwed, Artur Wieczorek, Józef Miklaszewski. W Zarządzie znaleźli się: jako skarbnik: Marek Matczak, jako sekretarz: Artur Wieczorek oraz członkowie: Jacek Bożek, Aleksandra Kretkowska, Elżbieta Hołoweńko, Beata Kubica.